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群团组织
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- 科学技术研究院、国防科学技术研究院、国防科学技术学院（校直属）
- 吉林省激光技术及设备工程研究中心（校直属）
- 光电技术情报研究所（校直属）
- 中国工业文化研究中心、吉林省工业文化研究基地（校直属）
- 纳米技术研究中心（校直属）
- 高功率半导体激光国家级重点实验室、吉林省半导体激光技术工程研究中心（物理学院）
- 纳米生物光子学示范型国际科技合作基地、纳米光子学与生物光子学研究中心、吉林省纳米光子学与生物光子学重点实验室（物理学院）
- 先进光电子技术省部共建协同创新中心（物理学院）
- 吉林省固体激光技术与应用重点实验室（物理学院）
- 空间光电技术研究所、空间光电技术国家地方联合工程研究中心、空地激光通信技术国防重点学科实验室、吉林省空间光电技术工程研究中心（光电工程学院）
- 光电测控与光信息传输技术教育部重点实验室（光电工程学院）
- 空间光电信息感知与智能仪器学科创新引智基地（光电工程学院）
- 吉林省光电测控仪器工程技术研究中心（光电工程学院）
- 吉林省光电精密测量与数字化装配科技创新中心（光电工程学院）
- 精密制造及检测技术国家地方联合工程实验室、吉林省精密微制造及装备工程实验室、吉林省精密微制造、检测及装备重点实验室（机电工程学院）
- 跨尺度微纳制造教育部重点实验室（机电工程学院）
- 吉林省机电装备制造产业公共技术研究中心（机电工程学院）
- 吉林省光电检测装备工程实验室（机电工程学院）
- 吉林省光机电一体化研究与设计科技创新中心、吉林省光机电一体化研究与设计科技创新中心、吉林省中小企业机电一体化公共技术服务平台（机电工程学院）
- 科技部国际科技合作基地(机电工程学院)
- 科技部纳米操纵与制造国际联合研究中心、微纳操纵与制造学科创新引智基地、纳米操纵、装配与制造国际科技合作基地、吉林省纳米操纵与制造工程实验室、纳米操纵与制造科技创新中心（电子信息工程学院）
- 吉林省先进控制技术与智能自动化装备研发工程实验室（电子信息工程学院）
- 吉林省机器视觉智能装备与检测科技创新中心（电子信息工程学院）
- 吉林省微波通信技术工程实验室（电子信息工程学院）
- 吉林省光电检测与智能信息处理工程技术研究中心（电子信息工程学院）
- 特种电影技术及装备国家地方联合工程研究中心、吉林省特种电影技术及装备工程研究中心、吉林省医学影像计算工程实验室（计算机科学技术学院）
- 吉林省网络数据库应用软件科技创新中心、吉林省农业物联网科技协同创新中心-长春理工大学分中心、吉林省大数据科学与工程联合重点实验室（计算机科学技术学院）
- 光电功能材料教育部工程研究中心（材料科学与工程学院）
- 吉林省光学材料与化学科技创新中心（化学与环境工程学院）
- 吉林省生物检测工程实验室、吉林省生物检测工程技术应用科技创新中心（生命科学技术学院）
- 长春电影文化研究基地(文学院)
- 国家知识产权局专利重点联系基地(法学院)
- 吉林省地方立法研究中心（法学院）
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